据台湾《旺报》报道，面对中国(上海)自由贸易试验区可能对台湾岛内造成的影响，两岸多位学者在一场研讨会上建议，上海自贸区与台湾的自由经济示范区可先进行“微型市场”的交流对接，但重点不是“区与区”合作，而是趁此找到两岸产业分工的模式。但大陆学者也提醒，在进入战略合作的同时，也突显两岸互信的重要性。
由上海社会科学院台湾研究中心与浦东台湾经济研究中心举办的“上海自贸区与两岸关系发展研讨会”日前举行。
上海台办主任李文辉表示，上海自贸区在2014年就要创造出首批可复制、给其他地方借鉴的经验模式，目前也在研究是否增加对台资企业的吸引力度。
台湾政治大学财经系主任黄智聪表示，若上海自贸区金融澈底对外开放，台湾仅以ECFA为卖点、吸引外商投资的诱因将相对变少，届时将威胁台湾成为亚太财富管理、筹资中心的目标。
在货运方面，黄智聪认为高雄港和基隆港将面临边缘化，且上海自贸区的概念是开放给国际的，所以两岸合作，不能仅是“区和区”，还是要以两岸整体产业来看。
中国社科院台湾研究所副所长张冠华认为，两岸跟一般区域合作不同，不是取消关税就可以了，到底如何分工，产官学都要有制度，以宏观的总体布局，才能避免局部恶性竞争。两岸要进入战略合作，将涉及资本、并购等，还要充分照顾两岸的产业需求，不管是政治、经济、或是产业间，没有互信是不行的。
张冠华建议自贸区与自经区合作，有“微型市场”的效果，先在这种“特区”进行政策对接，一旦达到标准，就可放松进入二线的条件，以零关税进入双方境内市场。
上海东亚研究所副所长钟焰也认为，上海自贸区如果要合作，一定要有整合平台、共同海外投资、以及经济运营、政策协调等功能，成为“综合性多元化功能平台”。
